Действие игры происходит в альтернативном мире 1979 году, во время холодной войны, когда СССР и США объединяют свои усилия для борьбы с инопланетным вторжением. Как и в оригинальной UFO Defense, игровой процесс разделён на стратегическую часть (Geoscape) и тактическую (Combat Viewer).